华纳音乐于2000年6月9日推出孙燕姿的首张音乐专辑《孙燕姿同名专辑》，孙燕姿由此开始了她的音乐之旅。
2000年，孙燕姿的首张专辑《孙燕姿同名专辑》获得台湾地区年度专辑销售冠军，在台湾卖出30余万张的好成绩，同年底，发行第二张专辑《我要的幸福》，。
2001年，孙燕姿发行第三张专辑《
风筝》，获得台湾2001年度专辑销售第三名，自己作曲的《
任性》拿下2001年度台湾HITO百大单曲第一名2006年，获得新加坡十大杰出青年，成为首位站上台北小巨蛋开唱的女艺人，与华纳唱片合约到期，签约EMI。同年在内地上海、南京、重庆等地及台湾、香港、新加坡、马来西亚结束了又一轮的个人巡回演唱会。同时又一年度成为各地区颁奖典礼的常客，如【在音乐风云榜颁奖盛典中，至此在前六届中共4次拿下最佳女歌手，4次拿下最受欢迎女歌手，在MusicRadio中国TOP排行榜中，从2003年举行第一届至2006年第四届，连续4年拿下大奖：三次最受欢迎女歌手、一次年度最畅销女歌手、三次港台最佳唱片，在香港十大中文金曲颁奖礼中，从2002-2006年，连续5年拿下全国最受欢迎女歌手奖（1金3银1铜）】，这些均为女歌手之最。
2007年，荣膺年度新加坡杰出青年奖，为东南亚国家联盟40周年庆典献唱主题曲《Rise》。3月发行第十张全新国语专辑《
逆光》，以13.5万张销量获得台湾2007年度专辑销售第三名。这一年的各地颁奖典礼中，《逆光》表现抢眼，如在MTV亚洲大奖中，第五次拿下地区最受欢迎歌手奖；全球华语歌曲排行榜颁奖盛典中，第五次拿下压轴大奖-最受欢迎女歌手奖；在IFPI香港唱片销量大奖中，连续第七年获得十大国语唱片销量大奖（2001-2007）；在香港作曲家及作词家协会颁发的CASH金帆音乐奖中，第三次拿下最佳女歌手演绎奖……所有这些都再次创下了国语女歌手之最高记录。
2008年，受邀参与演唱了北京奥组委推介的四首奥运会官方歌曲（北京2008年奥运会暨残奥会火炬接力主题歌《点燃激情・传递梦想》，奥运电影《一个人的奥林匹克》主题曲《
站起来》，奥运纪念歌曲《再看一眼》，北京2008年奥运会倒计时100天主题曲《北京欢迎你》），为中国港台及海外女歌手之最，并参与奥运会闭幕式演出，在压轴歌曲《远方的客人请你留下来》中，作为海外华人唯一的代表参与演唱。奥组委文化活动部处长王平久与燕姿见面，感谢燕姿对奥运的支持，燕姿参加了北京奥运会倒计时100天和倒计时10天的央视晚会、奥运圣火境内首传地三亚市的文艺庆祝活动。
作为第二届亚洲电影节唯一受邀表演嘉宾，用国语、粤语、韩语等不同语言献唱5首组曲。作为新加坡慈援组织---爱心大使，探访中国汶川地震受灾地区，通过慈善机构捐赠50万新元的物资（约254万元人民币），参加赈灾活动和特别节目，探访灾区小学。
2009年，担任theCarnaby品牌YanzifortheCarnaby系列时装设计师。受邀参加新加坡总统御赏演艺大会，担任压轴演出，新加坡总统纳丹莅临现场。获得光线传媒举办的“见证十年・娱乐大典”-“娱乐十年港台地区最具影响力女歌手”。开启新一轮的“答案是・世界巡回演唱会”，此次演唱会采用大制作，成本超过1亿新台币，舞台效果更是让人惊艳，钻石型切割舞台，空飘钢琴，水母灯，“超现实光影雕刻”，用投影的效果，重新塑造舞台的不同面向，虚拟和真实完美的结合在一起，给人一场新的视觉盛宴。继台北小巨蛋场结束以后，在上海八万人体育场，北京工人体育场，成都体育中心（四万人体育场）等极少有人可以成功挑战的场地都获得极大成功，场地爆满，票房表现优异。在票务网官方公布的2009年度北京区演唱会票房表现10强中位列第三。
2010年，开始担任新加坡旅游局代言人。在音乐风云榜十年盛典上获得十年十大最具影响力音乐人物以及十年港台十大金曲。在香港、新加坡、北京、美国拉斯维加斯等地完成个人巡演，结束了“答案是・世界巡回演唱会”。
2011年，荣获新加坡第一届“通商中国”青年奖，新加坡内阁与“通商中国”主席为其颁奖。同年3月加盟滚石移动美妙音乐推出暌违四年的作品--第十一张全新国语专辑《是时候》，重回乐坛。虽然以往专辑中就有参与制作工作，但这是燕姿首次担任整张专辑的专辑制作人，足见她对新作品的认真和投入。最终专辑以8.5万张的销量获得台湾2011年度专辑销售第四名，女歌手冠军，成为内地2011年度仅有的三张销量超过10万的专辑之一，暌违四年，依然维持着极高的人气和市场，让人感叹燕姿神奇的魔力。在台湾金曲奖，燕姿以《是时候》第六次入围最佳国语女歌手奖，截止2011年，入围金曲歌后的次数仅次于张惠妹（11次）、张清芳（7次）、蔡健雅（7次），而与莫文蔚（6次）并列第四。回到新加坡金曲奖，又获得了亚洲传媒大奖、最受欢迎女歌手、最佳专辑制作人等多项大奖。
2014年2月14日至15日，孙燕姿台北小巨蛋开启“克卜勒”的巡回演唱会，2月27日，发行专辑《克卜勒》；4月19日，在上海开启“克卜勒”在中国内地的巡回演唱会；11月7日，获得第19届新加坡金曲奖最受欢迎女歌手、最佳演绎女歌手、最佳专辑、最佳作曲、年度最顶尖金曲共五项大奖。
2015年1月9日，孙燕姿在香港十大中文金曲颁奖礼中获得全国最佳女歌手奖，也是她第六次获得该奖项。
